Taksationsmyndigheden vurderer og træffer afgørelse om værditab på beboelsesejendomme ved opstilling af vedvarende energianlæg som fx vindmølle- og solcelleanlæg. Endvidere vurderer Taksationsmyndigheden salgsoptionens størrelse, for de ejendomme, der er omfattet af salgsoptionsordningen.

Taksationsmyndigheden består af en formand og en sagkyndig, som begge er beskikket af ministeren for en toårig periode. Formanden har en juridisk kandidatuddannelse og særlig viden inden for fx forvaltningsret og naboret. Den sagkyndige er sagkyndig i vurdering af værdien af beboelsesejendomme- typisk ejendomsmægler. I tilfælde af uenighed om værditabets og /eller salgsoptionens størrelse mellem formanden og den sagkyndige, er det formandens stemme, der er afgørende. 

Sekretariatet for Taksationsmyndigheden blev etableret ved ordningens opstart den 1. januar 2009. Sekretariatet er administrativt en del af Energistyrelsen og er fysisk placeret ved Energistyrelsens afdeling i Esbjerg. Sekretariatets medarbejdere er ved behandling af sager for Taksationsmyndigheden underlagt Taksationsmyndigheden.​

Sekretariatet bistår med juridisk og administrativ assistance til Taksationsmyndigheden.  Sekretariatets opgave er at understøtte, at de sager som Taksationsmyndigheden behandler, bliver ekspederet korrekt og driftssikkert og at besigtigelserne bliver tilrettelagt hensigtsmæssigt og effektivt.

Sekretariatet kan kontaktes via telefon eller mail.​